宿州自明朝開始隸屬于鳳陽府，清朝初年，宿州降為散州，不再轄縣，靈璧縣為鳳陽府直轄。而后宿州劃出西境一鄉十九堡劃給新置渦陽縣（據史載，宿州和亳州的邊界為天靜宮）。

　　清朝時期，因地震、黃河改道摧毀邳州治所下邳古城，邳州北遷九十里筑新城，淮安府邳州及下轄宿遷、睢寧改屬徐州，徐州升為府。

　　泗州城陷入洪澤湖，裁虹歸泗，泗州治所遷虹縣（今泗縣），新泗州為直隸州。

　　此圖為清光緒三十一年，也就是公元1905年的地圖。

　　此圖為泗州直隸州地圖，泗縣也是清朝開始成為泗州治所，泗縣歷史上大多數時間為縣治，但也曾為潼州、宋州、仁州、宿州等州郡治所。

　　清代鳳陽府宿州，可以說，宿州自中晚唐以來，清朝是宿州最落寞的時期，以前的宿州跨汴阻淮，自蒙古南侵，懷遠、五河地徹底脫離宿州，到清朝不再轄縣，但仍是皖省雄州。

　　此圖可見，在清朝末年，宿州、靈璧境內仍有很多湖泊，百年后，已成滄海桑田。